因古飞仙关城而得名。清末民初,属水东乡辖地。民国25年(1936年),置飞仙乡联保。民国29年(1340年),改联保为乡(镇),先置飞仙镇,后改为飞仙乡。中华人民共和国成立后,沿用飞仙乡名。1958年,与凤禾乡合并建立白家店人民公社。1961年与凤禾划开为飞仙人民公社。1984年3月改公社为乡。2004年7月,又与凤禾乡合并为飞仙关镇。